Pada tanggal 1-5 1947, Tentara Keamanan Rakyat (TKR) melakukan latihan gabungan yang melibatkan Angakatan Laut dan Angkatan Darat yang bertempat di perairan Cirebon. Pada saat itu 5 kapal yang terdiri dari 4 kapal patroli pantai dan 1 kapal perang yang dikomandoi oleh Letnan Samadikun, kapal tersebut bernama RI-408 "Gajah Mada". Kapal Gajah Mada sendiri sebenarnya adalah kapal dagang yang diubah menjadi kapal perang.

Selama berlangsungnya latihan, Angakatan Laut Belanda mengintai dari kejauhan. Pada tanggal 5 Januari 1947, rombongan kapal tentara republik beriringan ke arah utara dan bertemu dengan kapal HMS Kortenaer milik Belanda yang memberi isyarat kepada rombongan kapal republik untuk berhenti.

Isyarat dari pihak Belanda tidak diindahkan sehingga HMS Kortenaer mulai menembak ke arah pasukan Indonesia. Kapal Gajah Mada berbalik arah untuk merespon serangan Belanda, namun berkali-kali Gajah Mada terkena tembakan sehingga Gajah Mada pun tenggelam bersama komandannya, yakni Letnan Samadikun. Pertempuran tersebut menyebabkan Indonesia kehilangan satu kapal dan 26 prajurit menjadi tawanan Belanda, namun empat kapal patroli lainnya berhasil lolos.

Jenazah Samadikun ditemukan pada tanggal 7 Januari 1947. Pemerintah memberi penghormatan terakhir kepada Letnan Samadikun dengan menaikkan pangkatnya secara anumerta menjadi Kapten Laut. Selain itu, TNI AL menamai sebuah kapal perangnya dengan nama KRI Samadikun 341 untung mengenangnya.